Interpelacja w sprawie zasad odliczania podatku VAT z faktur wystawianych poza Krajowym Systemem e-Faktur oraz skutków nowych wytycznych Ministerstwa Finansów

W dniu 9 lutego 2026 r. Ministerstwo Finansów opublikowało nowe wytyczne dotyczące zasad rozliczania faktur wystawianych poza Krajowym Systemem e-Faktur (aktualizacja treści Podręcznika KSeF 2.0) stanowiące odpowiedź na liczne zapytania przedsiębiorców dotyczące prawa do odliczenia podatku VAT z takich dokumentów. Sam fakt wydania wytycznych potwierdza skalę niepewności prawnej, jaka powstała po stronie podatników w związku z praktycznym funkcjonowaniem systemu.

Z opublikowanego Podręcznika KSeF wynika, że prawo do odliczenia VAT z faktur wystawionych poza KSeF ma przysługiwać jedynie w okresie przejściowym od lutego do grudnia 2026 r., co w praktyce oznacza, że po 1 stycznia 2027 r. faktury nieustrukturyzowane mogą zostać zakwestionowane jako podstawa odliczenia podatku naliczonego. Tego rodzaju ograniczenie nie wynika jednak wprost z przepisów ustawy o podatku od towarów i usług, które nie uzależniają prawa do odliczenia od formatu technicznego faktury, lecz od rzeczywistego zaistnienia transakcji oraz spełnienia warunków materialnych.

W konsekwencji pojawia się istotna wątpliwość, czy wytyczne resortu finansów – jako akt niewiążący normatywnie – mogą w praktyce prowadzić do ograniczenia fundamentalnego prawa podatnika, jakim jest neutralność VAT. Szczególnie problematyczne jest przenoszenie ryzyka podatkowego na nabywcę, który nie ma realnej możliwości zweryfikowania, czy sprzedawca był zobowiązany do wystawienia faktury w KSeF ani czy dopełnił wszystkich obowiązków technicznych związanych z systemem.

Dodatkowe wątpliwości budzi wprowadzenie wymogu zachowania tzw. należytej staranności przy rozliczaniu faktur wystawionych poza KSeF, bez jednoczesnego precyzyjnego określenia, jakie konkretne działania podatnika mają tę staranność potwierdzać. Brak jasnych kryteriów oceny prowadzi do stanu niepewności prawnej i zwiększa ryzyko sporów podatkowych, w których rozstrzygnięcie zależeć będzie od uznaniowej oceny organów skarbowych.

Równolegle przedsiębiorcy sygnalizują problemy związane z zakresem danych przekazywanych do KSeF. W obawie przed ujawnianiem wrażliwych informacji handlowych, takich jak rabaty czy upusty, część podmiotów ogranicza zakres danych prezentowanych na fakturach ustrukturyzowanych. Prowadzi to do rozbieżności pomiędzy rzeczywistymi warunkami transakcji a treścią dokumentów dostępnych w systemie, co generuje spory handlowe, konieczność dodatkowej weryfikacji oraz zaburza płynność rozliczeń.

Na te krajowe wyzwania nakłada się perspektywa wdrożenia unijnego pakietu VAT in the Digital Age (ViDA), który od 1 lipca 2030 r. wprowadzi obowiązek stosowania ustrukturyzowanych faktur w obrocie transgranicznym według jednolitego standardu europejskiego. Obecny model KSeF oparty jest na krajowej strukturze danych, co rodzi pytania o zakres przyszłych zmian, interoperacyjność systemów oraz rzeczywiste koszty dostosowania, które – mimo deklaracji resortu – mogą ostatecznie zostać przeniesione na podatników.

Wszystkie powyższe kwestie wskazują, że sposób wdrażania i interpretowania przepisów dotyczących KSeF rodzi poważne wątpliwości co do spójności systemu, pewności prawa oraz ochrony podstawowych praw podatników.

W świetle powyższego proszę o udzielenie odpowiedzi na poniższe pytania:

1. Jaką podstawę prawną przyjęło Ministerstwo Finansów, formułując w Podręczniku KSeF z dnia 9 lutego 2026 r. stanowisko, zgodnie z którym prawo do odliczenia VAT z faktur wystawionych poza KSeF ma przysługiwać wyłącznie w okresie przejściowym do końca 2026 r., skoro obowiązujące przepisy ustawy o podatku od towarów i usług nie uzależniają prawa do odliczenia od technicznej formy faktury, lecz od spełnienia materialnych przesłanek podatkowych?
2. Czy Ministerstwo Finansów dostrzega ryzyko naruszenia zasady neutralności VAT wynikające z praktycznego ograniczania prawa do odliczenia podatku naliczonego na podstawie wytycznych o charakterze pozanormatywnym?
3. W jaki sposób resort finansów uzasadnia przenoszenie ryzyka podatkowego na nabywców, którzy nie mają realnych narzędzi do zweryfikowania, czy sprzedawca był zobowiązany do wystawienia faktury w KSeF ani czy dopełnił wszystkich obowiązków technicznych związanych z funkcjonowaniem systemu?
4. Jak Ministerstwo Finansów definiuje pojęcie „należytej staranności” w kontekście rozliczania faktur wystawionych poza KSeF oraz jakie konkretne, weryfikowalne działania podatnika mają potwierdzać jej dochowanie, aby ograniczyć uznaniowość organów podatkowych i ryzyko sporów po stronie podatników?
5. Czy resort finansów analizował skutki praktyczne obecnego modelu KSeF, w którym przedsiębiorcy – w obawie przed ujawnianiem wrażliwych informacji handlowych – ograniczają zakres danych wykazywanych na fakturach ustrukturyzowanych, oraz czy planowane są zmiany systemowe pozwalające na lepsze zabezpieczenie tajemnicy handlowej bez naruszania funkcji kontrolnych systemu?
6. Jakie działania zostały podjęte lub są planowane w celu zapewnienia spójności treści faktur ustrukturyzowanych z rzeczywistymi warunkami handlowymi transakcji, tak aby KSeF nie prowadził do powstawania rozbieżności dokumentacyjnych, sporów między kontrahentami oraz zakłóceń płynności rozliczeń gospodarczych?
7. Czy w świetle zgłaszanych wątpliwości interpretacyjnych oraz ograniczeń wynikających z wytycznych Ministerstwo Finansów rozważa wprowadzenie zmian legislacyjnych w ustawie o VAT, które w sposób jednoznaczny i normatywny uregulowałyby zasady odliczania VAT w kontekście KSeF, zamiast opierania praktyki stosowania prawa na dokumentach o charakterze instrukcyjnym?